Inauguré le 9 janvier 1987, le musée d'Aquitaine présente, sur plus de 5.000 mètres carrés, l'histoire de Bordeaux et de l'Aquitaine depuis la Préhistoire jusqu'à nos jours.
L'actuel musée d'Aquitaine a pour lointain ancêtre le Musée lapidaire créé, vers 1783, par l'Académie de Bordeaux à la demande de l'intendant Dupré de Saint-Maur afin de rassembler les vestiges romains mis au jour par les importants travaux d'urbanisme entrepris dès le XVIe siècle et, principalement, au XVIIIe siècle. Tombé dans l'oubli, le Musée lapidaire est réorganisé et transféré, en 1960, dans l'aile sud de l'Hôtel de Ville, cours d'Albret.
La richesse de ses collections permet au visiteur de revivre l'histoire de Bordeaux et de sa région, depuis la préhistoire jusqu'à nos jours et met en valeur les liens de cette ville et de son arrière-pays avec l'outre-mer. Chaque objet, à un titre ou à un autre, évoque l'histoire régionale. Il s'agit de rappeler les événements importants qui se sont déroulés en Aquitaine, mais aussi de présenter l'évolution du mode de vie de ses habitants au fil du temps (urbanisme et architecture, vie quotidienne, commerce et artisanat, vie intellectuelle, rites funéraires et religieux).